Rahastopalkkioita ovat merkintäpalkkio, hallinnointipalkkio, säilytyspalkkio ja lunastuspalkkio. Näiden kokonaiskulut pienentävät sijoituksen tuottoa, mikä on tyypillisitä rahastosijoittamisessa. Rahastopalkkioiden kustannuksista voi joskus olla hankala saada kokonaiskuvaa. Rahasto-osuuden myyjä voi mainostaa, ettei peri merkintä- tai säilytyspalkkiota, mutta kuitenkin veloittaa hallinnoinnista vaikeasti havaittavaa korkeampaa hintaa.
Rahastosijoitus tuottaa vuodessa esimerkiksi 5 %, mutta erilaisten rahastopalkkioiden jälkeen tuotoksi jää 3 %. Korkeat rahastopalkkiot tekevät sijoittamisen tehottomaksi, koska sijoittaja kantaa riskin, mutta välittäjät korjaavat suuren osan tuotota. Osa palkkioista voidaan periä, vaikka sijoituksen arvo menisi tappiolle.
Ennen rahastoon sijoittamista on hyvä selvittää, kuinka rahastopalkkiot lasketaan ja miten esimerkiksi osinkoja käsitellään, tai miten rahasto on suoriutunut. Rahastosijoittamisen hyötyinä ovat toisaalta helppous ja riskin hajautus.
Rahastosijoittamisen tuottoa ja rahastopalkkioiden vaikutusta voi laskea esimerkiksi. pankkiasiat.fi:n tuottolaskurilla.