Sijoituspalveluyritykset, pankit tai rahastot voivat perivä arvo-osuuksien säilytyksestä ja rekisteröinnistä jaksottaista tai arvopaperikohtaista säilytyspalkkiota. Säilytyspalkkio voi olla kiinteä maksu, tai prosenttimääräinen osuus arvo-osuuden kuten rahaston arvosta. Arvo-osuusjärjestelmää eli sähköistä arvopaperien omistusrekisteriä pitää yllä Suomessa Euroclear Finland.
Säilytyspalkkiota peritään joko omalle arvo-osuustilille rekisteröidyistä arvopapereista, tai rahastoyhtiö veloittaa sen osana rahastopalkkioita eli suoraan arvopaperin tuotosta tai pääomasta. Säilytyspalkkiota ei peritä aina sijoituspalvelun tarjoajasta riippuen, mutta tätä vastaava kulu on voitu sisällyttää muihin palkkioihin kuten kaupankäynti- tai lunastupalkkioihin.
Jos kauppaa käydään harvoin, niin säilytyspalkkioiden merkitys korostuu ja varsinkin jos odotettu tuotto jää pieneksi.